У двоциліндровому оппзитному двигуні, який вперше був використаний на новому BMW R 1200 GS, як і раніше використовується повітряно-рідинне охолодження. Вперше в двоциліндровому опозитному двигуні BMW Motorrad охолоджуюча рідина для моторного масла була замінена на водогліколеву суміш. Це забезпечує більш ефективний тепловий потік через високу теплопоглинальну здатность холодоагенту. Холодоагент під час проходження через компоненти двигуна – головки блоку циліндрів і підсекцій – піддається певній тепловій напрузі. Тепло поглинається двома охолоджувачами, розташованими в передній частині транспортного засобу зліва і справа. Вони вбудовані окремо і мають ефективний захист, який забезпечується обтекателями радіатора. Електричний вентилятор, встановлений за правим охолоджувачем, управляється за допомогою термостата, який автоматично активується при необхідності – наприклад, під час руху в населених пунктах при високій весняній температурі. Завдяки ретельно розробленій двосторонньої системі повітряного охолодження потік теплого повітря минує їздця за законами аеродинаміки.
Як і у випадку з попереднім противоточним подвійним двигуном, балансувальний вал, який працює зі швидкістю обертання колінчастого вала з перевизначеними масами дисбалансу дозволив усунути небажані вібрації в новій силовій передачі. Балансувальний вал виконаний у вигляді порожнього проміжного вала, причому вал зчеплення одночасно переміщається всередині. В результаті новий привід, який має значно вищий рівень швидкості у всьому діапазоні оборотів двигуна, працює з помітно меншою кількістю вібрацій, що забезпечує більший комфорт, особливо при більш високих швидкостях. Проте, міцний характер, типовий для противоточного подвійного двигуна, зберігся.
Діаметри дисків клапана також були перевизначені, щоб забезпечити більш високу потужність і крутний момент. Кожен з них тепер на 1,0 мм більше і складає 40 мм на стороні впуску і 34 мм на стороні вихлопу. При 5,5 міліметрах діаметр штока клапана залишається незмінним. Підвищений рівень швидкості з оптимально певним ефектом опору означає, що тепер потрібні значно коротші пружини клапана.