Вперше в історії BMW Motorrad коробка передач і зчеплення були вбудовані в корпус двигуна на коробці передач двигуна зі зустрічно-спрямованими здвоєними циліндрами. Вперше на двигуні з зустрічно-спрямованими здвоєними циліндрами BMW Motorrad циліндри вже не пригвинчуються до корпусу колінчастого вала окремо, а вбудовуються безпосередньо. Литий роз'ємний картер з блоком циліндрів і вертикальною лінією поділу по центру колінчастого вала виготовлений з високоякісного алюмінієвого сплаву. Таким чином, дві половини корпусу утворюють жорсткий зв'язок разом з циліндром і гніздом підшипника на колінчастому валі. Циліндр з водяною сорочкою має форму відкритої плити. Отвори покриті новим методом електродугового напилення зносостійким і низькофрикційним залізовуглецевим сплавом. Цей метод раніше використовувався в автомобільних двигунах BMW.

Така конструкція надає, зокрема, переваги щодо вагового балансу, а також характеристик крутіння. Для компактної легкої конструкції тепер не потрібне додаткове масло для коробки передач, яке раніше було необхідно для змащення. Як і раніше, на зубчастих колесах використовуються високоміцні гвинтові шліци для акуратного взаємозачеплення, безшумного ходу і кращої плавності. Крім того, як і раніше, вали коробки передач мають антифрикційні підшипники на новому приводі, тоді як шестерні (вільні шестерні) працюють на голчастих підшипниках для низького тертя. Зубчасті колеса і, отже, передачі перемикаються через селекторний барабан зі сталі, встановлений на шарикопідшипниках, трьох навуглероживаючих перемикаючих вилках з жорсткими хромованими кінцями і легкими втулками для зчеплення з торсійним з'єднанням пар зубчастих коліс.

Привід, який вперше використовується в R 1200 GS і є першим серійним протиточним подвійним двигуном від BMW Motorrad, має мультидискове зчеплення, що працює в масляній ванні, з вісьмома фрикційними дисками замість однодискового сухого зчеплення, використаного раніше. Перевагами цього рішення є менший інерційний момент через значно менший зовнішній діаметр 147 міліметрів (на попередньому R 1200 GS: 180 мм), а також більш компактну конструкцію в цілому. Вперше на протиточному подвійному двигуні система зчеплення оснащена протиковзким механізмом. При цьому менший момент гальмування двигуна передається на заднє колесо при перевантаженні, так що мотоцикл залишається ще більш стійким і безпечним під час гальмування.