На відміну від всіх попередніх двигунів з парними зустрічно-спрямованими циліндрами BMW Motorrad, на новому R 1200 GS повітря проходить через двигун вертикально. Це означає, що впускний канал може бути сконструйований незалежно від системи управління розподільчим валом, і для обох сторін циліндра можуть бути досягнуті однакові довжини впуску. Вертикальний напрямок потоку забезпечує оптимальний однорядний канал впускання в однаковій мірі простої направляючої ланцюга для приводу розподільного вала, в порівнянні з попередньою конструкцією головки циліндра з горизонтальним впусканням.

На протиточних подвійних двигунах, які вперше використовуються в новому R 1200 GS, також використовується нова цифрова система управління двигуном BMS-X. Її основними характеристиками є повністю послідовний вприск палива, компактна компоновка і мала вага. Управління двигуном на основі альфа/n з інтерфейсом крутного моменту враховує безліч факторів, що впливають. Це дозволяє легко управляти передачею крутного моменту і характеристиками відгуку, призначеними за характеристиками електронного газу, різним режимам руху, які повинні бути адаптовані до найширшого розмаїття граничних умов. Управління ґрунтується на кількості всмоктуваного повітря, яке визначається побічно через кут апертури і швидкість обертання. Система управління двигуном формує індивідуально скоординовані значення для кількості вприску і часу запалювання з використанням додаткових параметрів двигуна і навколишнього середовища (включаючи температуру двигуна, температуру повітря, атмосферний тиск) разом зі збереженими картами і функціями корекції.

Підготовка суміші здійснюється електронним уприскуванням палива через корпуса дросельної заслінки з шириною отвору 52 мм замість колишніх 50 міліметрів. Нещодавно розроблені, навмисно високі впускні повітрозабірники і щілинний глушник забезпечують оптимальну подачу холодного всмоктуваного повітря і, отже, оптимальне наповнення.

Дросельні клапани управляються електричним двигуном у вигляді системи електронного газу. Запити водія передаються датчиком захвату дросельної заслінки в повністю електронне управління двигуном і перетворюються в залежності від обраного режиму руху в цільове положення дросельної заслінки, яке потім встановлюється електронним способом.

Електронний газ нового BMW R 1200 GS поліпшує керованість і оптимізує плавність ходу в районі, близькому до швидкості холостого ходу, оскільки управління двигуном виявляє будь-які відмінності між двома циліндрами в діапазоні середнього тиску і компенсує це за допомогою селективного управління дросельним клапаном. В результаті можливі різні реакції дросельної заслінки (м'які, оптимальні, прямі) з додатковим аксесуаром «ASC і режими руху» в залежності від відповідної сфери застосування. Завдяки значно поліпшеній керованості кут рукоятки управління дросельної заслінки може бути зменшений з 85 до 70 градусів. Ця технологія також може бути використана з додатковим аксесуаром для зручності круїз-контролю. Таким чином, вперше в BMW GS система електронного круїз-контролю також доступна як додатковий аксесуар для R 1200 GS, що робить, наприклад, поїздки по автомагістралях більш комфортними.